We wrześniu 1939 roku część mieszkańców była powołana do wojska. Inni, pracownicy Zakładów, uczestniczyli w ewakuacji ZP. Wojna nie spowodowała zniszczenia Stalowej Woli, ponieważ Niemcom zależało, żeby przejąć na swój użytek tutejsze supernowoczesne zakłady
zbrojeniowe. Wkroczyli do miasta w połowie września 1939. W październiku 1939 r. ze wschodu z wojennej wędrówki wracali pracownicy ZP z rodzinami.
Przybyli pierwsi Niemcy – cywile, zjawiły się sprowadzone przez Niemców grupy fachowców ze Śląska i Zagłębia, które miały pomagać w uruchomieniu fabryki. Na teren powiatu niżańskiego do końca lipca 1940 roku napłynęło blisko 700 wysiedleńców, z czego około 400 do Stalowej Woli. Transporty wysiedleńców przybywały z ziem włączonych do Rzeszy: Wielkopolski, Śląska, Pomorza.
Niektórzy ludzie przyjeżdżali w poszukiwaniu bezpiecznego miejsca u swoich krewnych w Stalowej Woli. Nauczyciele w Stalowej Woli sprawnie zorganizowali dla młodzieży tajne nauczanie, gdzie przekazywano wiedzę o polskiej historii i kulturze, zabronioną przez niemieckiego okupanta.
Konspiracja w Stalowej Woli zawiązała się bardzo szybko. Przystępowali do niej mieszkańcy sprzed wojny i nowo przybyli. W maju 1940 roku nastąpiły pierwsze aresztowania. Wielu konspiratorów swoją działalność przypłaciła życiem.Staraniem księdza i mieszkańców, przy akceptacji władz niemieckich, w 1943 r. w Stalowej Woli stanął pierwszy kościół – drewniana świątynia przeniesiona z wysiedlanej wsi Stany. Kościół otrzymał wezwanie św. Floriana. W maju 1944 powstał stalowowolski cmentarz.
W roku 1943 Stalowa Wola liczyła ponad 6500 mieszkańców, w tym ponad 5800 Polaków. Pozostali to Niemcy, folksdojcze i Ukraińcy w służbie niemieckiej.Okupacja niemiecka w Stalowej Woli skończyła się 1 sierpnia 1944, wraz ze wkroczeniem Armii Radzieckiej.
